Matteo Gentili nacque nel 1517 da Lucentino (o Gregorio, secondo la matricola dell’Università di Pisa). Introdotto nel campo della medicina come il nonno paterno, frequentò l’Università di Perugia e quella di Pisa, conseguendo il titolo dottorale il 13 maggio 1549, in medicina e filosofia, alla presenza di numerose figure di rilievo dell’epoca, come Simone Porzio. Ritornato a San Ginesio, l’anno seguente sposò Lucrezia Petrelli, figlia del capitano Diodoro Petrelli e sorella di Niccolò Petrelli, castellano di Trieste al servizio dell’arciduca Ferdinando II, da cui ebbe sette figli. I più famosi sono Alberico, il primogenito, e Scipione, il penultimo. Assunto come medico cittadino nel 1552, nel 1558 si recò in missione a Tolentino su ordine del governo cittadino, per poi intraprendere la professione di medico nella cittadina fino al 1562. Durante le discordie civili che si produssero a San Ginesio, Matteo cercò di intervenire per tentare di superare i contrasti locali, ma il fallimento ottenuto gli causò un giudizio negativo da parte della popolazione sanginesina. Nel 1566 si trova a Borgo San Sepolcro, dove esercita la professione sino ad ottobre 1571, quando il Consiglio cittadino di Ascoli Piceno lo nominò medico al posto del fratello Pancrazio, deceduto pochi mesi prima. Ritornato a San Ginesio nel 1573, si occupò della politica cittadina e divenne priore della Confraternita dei Santissimi Tommaso e Barnaba.
Dopo che emersero le prime opinioni negative riguardo i membri della confraternita, nel 1579 le denunce al tribunale inquisitoriale e alcuni arresti lo spinsero ad allontanarsi da San Ginesio, in compagnia di Alberico, per evitare il processo e il carcere. L’itinerario della fuga si orientò in direzione di Lubiana, con un transito per Trieste, dove i fuggiaschi potevano contare sulla protezione di Niccolò Petrelli, che li raccomandò al barone Khisl von Kaltenbrunn. Il 27 agosto 1579, Matteo ottenne la nomina a protomedico del ducato di Carniola, ruolo che ricoprì solo per qualche mese, a causa della proclamazione dell’editto di Rodolfo d’Asburgo, che prevedeva la pratica della sola confessione cattolica e l’espulsione di quanti fossero sospetti di convinzioni protestanti. Nel 1580 fu costretto a rifugiarsi in Inghilterra, precisamente a Londra, dove acquistò un certo ruolo nella Chiesa italiana di Londra, per poi raggiungere il figlio Alberico ad Oxford. Matteo morì nel 1602, dopo essersi ammalato gravemente nel 1581. Venne sepolto il 26 febbraio nella Chiesa di sant’Elena a Bishopsgate.